Laat uw ouders eerst maar eens checken of zij door het ABP ook de loonheffingskorting laten toepassen. Zo ja, meteen wijzigen in: loonheffingskorting toepassen, NEE. Deze korting wordt namelijk standaard al toegepast door de SVB.

Als het ABP pensioen veel hoger is dan de AOW, dan kunnen zij het omdraaien: loonheffingskorting bij ABP, ja en bij de SVB loonheffingskorting, nee.

"Nu moeten ze alles terug betalen"

En aan wie moeten ze dan betalen? En wie moet dat terugbetalen? Uw vader of uw moeder? Of allebei een beetje? Wie heeft er pensioen van het ABP. En zijn er naast de AOW en het ABP nog andere inkomsten?

Uit belastingaangiftes blijkt niet dat een instantie teveel uitkeert. Als er uit meedere bronnen inkomsten zijn, moet vaak worden nabetaald aan de belastingdienst.

In navolging van @SPRIETJE, de m.i. enige reden kan zijn dat het ABP niet over de gegevens beschikt, door uw ouders zelf aan te leveren (1) informatie of er wel of geen rekening gehouden dient te worden met loonheffing. Het ABP betaalt pensioen uit volgens het reglement en op basis van door uw ouders zelf aangeleverde gegevens en is het pensioenbedrag om die reden dan wel degelijk juist m.a.w. kan het ABP niet gedwongen worden om aan te passen. 
Op zich kunt u uit belastingaangiftes niet opmaken of men zijdens het ABP te veel uit betaald. Wel kunt u, nu iets anders gezegd, wel nagaan of onjuiste toepassing van de vraag wel of geen loonheffingskorting de reden is. Het lijkt mij erop dat dat is aangegeven als ja terwijl er kennelijk andere en zelf mogelijk hogere inkomsten zijn en zelfs kan er sprake zijn dat daar dan sprake is van incorrecte toepassing van wel of geen loonheffing.  
Zie daarvoor o.a. deze info: https://www.belastingdienst.nl/wps/wcm/connect/bldcontentnl/belastingdienst/prive/werk_en_inkomen/jongeren/teruggaaf_jongeren/begrippen_jongeren/loonheffingskorting die niet alleen voor jongeren geldt maar voor iedereen die inkomsten uit arbeid of uitkering geniet.

Meestal is het inkomen uit AOW dus van de SVB het hoogste en daar kan dan normaliter wel het toepassen van heffingskorting worden gevraagd en toegepast. Maar ook dan is enige voorzichtigheid nodig indien er andere hoge inkomstenbronnen zijn.

Klinkt alsof dat de heffingskorting niet goed staat. ABP keert uit nav aangeleverde gegevens.