Er staat toch dat ze eerst de schade willen opmaken. Waar je zoon nog recht op heeft zal uitbetaald moeten worden, maar het lijkt mij redelijk om eerst de schade te berekenen en die vervolgens te verreken met de laatste uitbetaling.

Hier worden van de werkgever de nodige voorbeelden gegeven. Stevige kost.
https://www.arbeidsrechter.nl/diefstal-stelen-werknemer-ontslag-staande-voet#Financiële-gevolgen-per-ontslaggrond

Zoonlief moet toch eerst afwachten wat de schadeberekening oplevert?
Laat hem ook maar de informatie via de link van @costnix lezen.
Hij kan m.i. ook maar beter zijn veronderstelde nieuwe werkgever inlichten over één en ander.....voordat anderen dat gaan doen.... en maar even zich niet druk maken over zijn veronderstelde rechten. Hij heeft met zijn handelen veel verspeeld.

Wat zou u zelf doen als u door een werknemer (welke dan ook) bestolen werd?

Er is politie aan te pas gekomen, en er is bekend, dus het verhaal is duidelijk.

Het is logisch dat met de overuren de schade verrekend gaat worden. Na diefstal, het zal meer als een potlood, gummetje en schrijfblokje zijn geweest, verspeel je veel "rechten". Hij kan m.i. hooguit (vriendelijk) vragen (ik zou dat zelf per post/email doen) wanneer de ex-werkgever het een en ander heeft berekend/verrekent en een (eventueel)  restant gaat uitbetalen. Hangende de hoogte van de schade, alsmede te verrekenen uren kan hij (mogelijk) zelfs nog moeten bijbetalen.

U zou in zijn cao kunen kijken of daar iets over afgesproken is of vakbond vragen.
De werkgever gaat natuurlijk geen loon meer te betalen na de datum van ontslag maar als uw zoon nog loon en overurenbetaling tegoed had vraag ik me af of hij dat mag inhouden.
Waar moet uw zoon zijn levensonderhoud van betalen als de werkgever zijn loon wat hij tegoed had mag inhouden?
Het zal aan de ernst van de diefstal liggen of uw zoon juridische hulp goed zou kunnen gebruiken.

Uw zoon moet de schade aan zijn ex werkgever vergoeden. Dan zijn er 2 opties, de ex werkgever betaald alles uit en uw zoon moet de schade zelf overmaken. De ex werkgever wil natuurlijk zekerheid hebben dat de schade ook echt vergoed wil en houdt de betaling achter. Vergelijk het met het huren van de auto. De borg komt daar ook pas terug als er bekend is wat het schadebedrag is als er een aanrijding geweest is.
Niets verkeerds aan, gewoon even afwachten tot het schadebedrag bekend is.

Ontslag op staande voet bij ontvreemding van bedrijfsgoederen is te verdedigen maar het inhouden van vakantiegeld en eventuele overuren die voor uitbetaling in aanmerking komen dan weer niet. Er spelen twee zaken, het uitbetalen van tegoeden bij ontslag valt onder het arbeidsrecht en het verhalen van geleden schade door diefstal onder het strafrecht. Als de werkgever op voorhand uitbetaling van de tegoeden achterhoud dan is de werkgever in overtreding en zou uw zoon een rechtszaak aan kunnen spannen. Ik heb ooit zoiets aan de hand gehad waarbij ik schade aan een bedrijfswagen gereden zou hebben terwijl dat niet waar was, de werkgever en ik hebben vanwege een ontstane onwerkbare situatie afscheid van elkaar genomen maar de werkgever hield op voorhand salaris en vakantiegeld in. Het gevolg was een langdurige juridische strijd die in mijn voordeel beslist is en de werkgever gigantisch veel geld gekost heeft. Uw zoon zou contact met een advocaat op kunnen nemen en een brief op kunnen laten stellen waarin de betaling van het ingehouden tegoed wordt op geéist. Als de politierechter later beslist dat uw zoon naast de eventuele straf ook een schadevergoeding dient te betalen dan dient uw zoon die vergoeding ook te betalen.

De vordering van de werkgever tot betaling van gefixeerde schadevergoeding was opeisbaar vanaf het moment waarop de schadeveroorzakende gebeurtenis (de diefstal) plaats vond en daarom was verrekening toegelaten. 
https://www.vanzijl-advocaten.nl/juridische-producten/arbeidsrecht-actueel/gefixeerde-schadevergoeding-bij-ontslag-op-staande-voet-terecht-verrekend.php

Verrekening kan dus wel. De werkgever moet wel de cao volgen. Hoe lang gaat het duren voordat de rekening opgemaakt wordt=

Zie de reactie van @COSTNIX, ik teken aan dat het aan een rechter ligt om te bepalen of het ontslag wettelijk rechtsgeldig is.  waarschijnlijk.

Nu doet zich hier het feit voor dat ik uit uw vraag opmaak dat uw zoon niet op staande voet dus direct na het ontdekken van de diefstal is ontslagen en daarmee geldt het 'op staande voet, dringende reden' niet meer. Hij is ontslagen nadat hij zelf had opgezegd.

Het staat uw zoon vrij om de rechtmatigheid van het ontslag op staande voet te betwisten bij de rechtbank (sector kanton).
Dat zal naar mijn mening en op basis van ervaring waarschinlijk betekenen dat de rechter zal beslissen dat het ontslag op staande voet onrechtatig is met gevolg dat de werkgeven mogelijk schadeplichtig is. De schade ten gevolge van de diefstal, mits de werkgever dat ook vordert, zal daar daan mee verrekend mogen worden. De werkgever kan ook vorderen dat de arbeidsverhouding alsnog als beëindigd beschouwd dient te worden om dwingende redenen. In dat geval zal de rechter de datum van einde van de overeenkomst bepalen.

Maar: er zit een hele grote adder onder het gras en dxat is de nieuwe werkgever. Stel dat die 'lucht krijgt' van de diefstal (door de procedure) en uw zoon heeft een proeftijd, dan vrees ik dat dat dienstverband niet lang zal duren.

Ik heb hierbij wel de vraag of de werkgever aangifte heeft gedaan van de diefstal of dat dan alsnog zal doen. 

Lees deze info van het juridisch loket :
https://www.juridischloket.nl/werk-en-inkomen/ontslag/ontslag-op-staande-voet/