De winkel is fout.
Je hebt helemaal gelijk.
Bij pinnen mag er NIET afgerond worden.
Info: https://www.rijksoverheid.nl/onderwerpen/geldzaken/vraag-en-antwoord/mogen-winkeliers-betalingen-afronden-op-0-eurocent-of-5-eurocent

Als ze niet met centen werken waarom is het product dan 2,99 geprijsd en niet 3 euro?
Per product afronden mag niet, alleen het totaal bedrag mag afgerond worden.
U had naar de filiaalhouder moeten gaan.
Voor 2 producten is het met contante betaling €6 en voor 3, €8,95, met pinnen geen afronding.

Hier is sprake van een "stiekeme"verhoging, de afronding dient slechts plaats vinden op het totaalbedrag. Dat de kassiëre er geen verstand van heeft is niet zo verwonderlijk. Gaat het om een zaak met meerdere kassa's dan worden deze centraal ingeregeld. Slaat de kassiëre zelf een afgeronde prijs in kunt u dit bij de manager aan het verstand brengen dat dit niet mag. Als mij dit persoonlijk zou overkomen laat ik de aankoop bij de kassa achter groet ze vriendelijk en vertrek. In uw geval moet er dus € 5,98 gepind worden en geen cent meer. U zult van die 2 cent niet armer worden maar doen ze dat bij iedere klant kan de winst aardig oplopen bij de winkelier.

Niet netjes wat de Boni doet. Het gaat inderdaad (bij u) maar om een paar centen maar ik zou het klachtenformulier online toch eens invullen, vraag me af wat hun antwoord zal zijn: want het mag niet als u pint.

https://www.bonisupermarkt.nl/klantenservice/135

Bij 'mijn Boni' gebeurt dit niet. Dat wil zeggen, er was een tijdje geleden wel sprake dat één of twee producten op het beelscherm de afgerondde prijs nvertoonden maar de kassabon correct was. Ik heb wel meteen melding gemaakt aan de filiaalmanager dat dit niet geheel correct was (al was de uiteindelijke betaling wel correct). Ik heb het daarna niet meer gezien maar zal er wel weer op letten bij mijn volgende bezoek. 
Als het uiteindelijke te betalen bedrag bestaat uit de optelsom van de afgeronde bedragen op 10 of 5 cent (omlaag of omhoog) is er sprake van een fout die niet acceptabel is. 

Ik maakte een tijd geleden hetzelfde mee bij de aankoop van een postzegel met pinpas. De reactie daar op de afronding was 'dat als ik er 10 tegelijk zou kopen er naar beneden werd afgerond. En in de winkel stond o.a. 'klein bedrag, pinnen mag'en niets over afronden bij pinnen. Daarna kwam het ook niet meer voor.

Maar heeft u ook daadwerkelijk meer betaald, of is dat alsnog gecorrigeerd? Wat ik nog wel eens zie bij de kassa is dat de prijs van het artikel te zien is met daarnaast de prijs die betaald zou moeten worden. Dus bij 1 stuks staat er €2,99 - €3,00. Bij 2 €5,98 - €6,00. Bij 3 €8,97 - €8,95. Op het moment dat er gepint gaat worden krijg je het juiste bedrag te zien.

Ik neem aan dat de BONI net zoals andere supermarkten met een centraal kassasysteem werkt en de producten middels een scanner van de bijbehorende prijs voorziet. Prijswijzigen worden centraal doorgevoert en worden in alle filialen gehanteerd dus zou het afrondingsproces voor elk filiaal van toepassing zijn. De kassiere valt niets te verwijten want zij bepaald de prijs niet en let alleen op het te betalen totaal bedrag. Als u gaat pinnen verschijnt het te betalen bedrag op de pinautomaat en als dat bedrag 5,98 euro is geweest dan wordt de afrondingsprocedure toch op het totaal bedrag toegepast.

ik zie dat wel vaker maar kijk eens of er werkelijk 3 euro is afgeschreven

Spullen laten liggen en elders kopen. De kassiere sloeg 2 keer 3 euro aan dus daar zit de fout al, ze behoord de prijs per produkt goed aan te slaan en het totaal betaal je dan, al dan niet afgerond bij pinnen (niet) of contant betalen (wel).

U staatin uw recht. Boni mag contante betalingen afronden mots dit is aangegeven op bijv de toegang tot de winkel of bij de kassa. Pinbetalingen mogen niet worden afgerond.