U bent in zee gegaan met dit bedrijf die een kraanbedrijf inschakelt en betaald heeft, dit zijn de meerkosten waar ze zelf ook aan willen verdienen. Deze verdiensten worden door hen niet bekend gemaakt.
Denk dat u het beste alles kunt betalen wat uiteindelijk toch moet gebeuren.
Geniet van de gebouwtjes.

Laat u, als ZZP-er wel uw inkoopfacturen aan uw klant zien?

Vreemd want u spreekt een bedrag af zonder kraankosten en laat de verkoper toch een kraan huren en wil daar nu niet voor gaan betalen. In mijn optiek had u zelf een kraan moeten huren die de gebouwtjes op hun plaats zou zetten en de kosten daarvan zelf moeten betalen. Hoe e.e.a. afgesproken is weet ik niet maar als u gedacht heeft dat de verkoper de kraankosten voor eigen rekening zou nemen heeft u het mis want exclusief kraankosten betekent dat u er zelf voor zorgt dat er een kraan aanwezig is. Daarbij is het zo dat een kraan bestellen en laten komen zeker niet goedkoop is en de gemaakte kosten als meerwerk want dat is het doorberekend mogen worden. Op de nota is het meerwerk al gespecificeert maar u wenst de nota van het bedrijf die de kraankosten aan de verkoper doorberekend heeft in te zien omdat u denkt dat de kraankosten te hoog zijn opgevoerd. Dat gaat hem echt niet worden omdat de verkoper een overeenkomst met het bedrijf dat een kraan verhuurde heeft en de directe kosten heeft voldaan en later als meerwerk op gaat voeren op de uiteindelijke factuur. Er zit niets ander op dan de uiteindelijke factuur te voldoen en mogelijkerwijs kunt u als zzpe'r de betaalde btw als de gebouwtjes voor bedrijfsdoeleinden zijn geplaatst bij de omzetbelasting terug vorderen.

Je schrijft:
in de gespecificeerde nota stond exact het eerder genoemde bedrag - 1000 euro met daarbij vermeld dat de kraan een mininmum afname dagprijs had. 
En dan is jou niet duidelijk wat je moet betalen? De dagprijs natuurlijk.
Dat de kraanmachinist met 2 uur klaar was en een ander klusje had, maakt niet uit. 
Waarom zou je recht hebben op de onderliggende factuur? Je moet gewoon betalen wat je afgesproken hebt.

Zoals ik het begrijp heeft u een op basis van een vooaf afgesproken prijs twee prefab gebouwtjes laten plaatsen waarin de kraanhuur niet was inbegrepen.Daarna heeft u een toestemming voor meerkosten geaccordeerd en dan zou u die ook dienen te betalen. Wel is het zo dat u dan naar mijn mening wel recht heeft op een specificatie van die meerkosten. Daarbij kan en mag agressief gedrag al helemaal niet aan de orde zijn. 

Hoewel u met toch maar betalen er toch van af bent is het misschien toch zinvol om uw vraag ook voor te leggen aan het forum voor ondernemers (omdat u zzpér bent en dit een forum voor consumenten is)  https://www.higherlevel.nl/  of eventueel voor nader advies bij https://www.eigenhuis.nl/

Ik zie een verwijzing naar higherlevel. Is de aanleg van de gebouwtjes een zakelijke aankoop of een privé aankoop? Tenslotte kunnen ook zzp-ers als consument aankopen doen. Is het een privé aankoop heb je niets te zoeken op het higherlevel platform.

Ik snap het verhaal niet maar u heeft nooit recht de inkoopfactuur van een leverancier te zien als dat niet vooraf afgesproken is. U moet het doen met de afspraken die u heeft gemaak. Hebt u opdracht gegeven en welke prijs hebt u afgesproken voor dat werk?

Een dagprijs voor een kraan is niet gebruikelijk wanneer de kraan niet een halve dag moet rijden om op bestemming te komen. Het is gebruikelijk dat je een minimum aantal uur (denk aan 2 of 3 uur) moet betalen. Max honderd euro per uur.

ik kan mij dus goed voorstellen dat je je in de maling genomen voelt.

Om een consument te beschermen tegen woekerprijzen (scharensliep) kan een rechter de prijs vaststellen op een in de markt normaal geachte prijs.

https://www.allesoverrechten.nl/artikelen/overeenkomstenrecht/aanneming-van-werk

In der Beschränkung zeigt sich der Meister ...
Als ik het goed begrijp heeft u een offerte aangevraagd en die geaccepteerd waarin de kosten zijn vastgelegd en alleen nog de kraanhuur daarbovenop komt. Als dit door beide partijen is geaccepteerd dan hoeft u alleen te betalen wat in de offerte is afgesproken. Want dit wordt de koopovereenkomst van uw product.

Als de kraan een vaste minimale prijs hanteert dan is dat voor uw rekening, want zo staat het in de offerte. Een minimale prijs van 1 dag wil niet zeggen dat u de kraan voor 1 dag heeft gehuurd, het is de ondergrens van waarvoor de kraan bij u werkzaamheden komt uitvoeren. En verder, alshet werk gedaan is hoeft u ook niet langer gebruik te maken van de kraan.

Op de onderliggende factuur heeft u in principe geen recht. U heeft het bedrijf dat de gebouwtjes plaatst toestemming gegeven een kraanbedrijf in te huren en die kosten te factureren. Als u per se de factuur wilt inzien zult u ws naar de rechter moeten. De administratie is niet van u maar van de aannemer. Als u accepteert dat in de offerte de kraankosten exclusief blijven dan kan (u bent ZZPer, ondernemer, en dus geen privepersoon) de aannemer aannemen dat u weet wat dat ongeveer gaat kosten. Elk redelijk bedrag zult u dan moeten betalen.

U bent dus geen consument zoals user123 suggereert, het is een zakelijke overeenkomst tussen twee bedrijven.